1. กำหนดนโยบายและยุทธศาสตร์การควบคุม กำกับ สถานประกอบการเพื่อสุขภาพ
2. กำหนดมาตรฐานสถานประกอบการเพื่อสุขภาพ
3. พัฒนาและส่งเสริมสถานประกอบการเพื่อสุขภาพ
4. ควบคุม กำกับ มาตรฐานและรับรองคุณภาพสถานประกอบการเพื่อสุขภาพให้เป็นไปตามที่กฎหมายกำหนด
5. พัฒนาระบบและกลไกการเฝ้าระวังสถานประกอบการเพื่อสุขภาพที่ไม่ได้มาตรฐานสถานประกอบการเพื่อสุขภาพ
6. ศึกษาวิจัย พัฒนา ถ่ายทอด และประเมินองค์ความรู้ และเทคโนโลยีเกี่ยวกับสถานประกอบการเพื่อสุขภาพ
7. ดำเนินการบังคับใช้กฎหมายที่อยู่ในความรับผิดชอบให้เกิดผลสำเร็จแก่ราชการและประชาชน
8. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
เป็นองค์กรหลักด้านการคุ้มครองผู้บริโภค และส่งเสริมสถานประกอบการเพื่อสุขภาพให้มีคุณภาพ มาตรฐาน สร้างรายได้ มุ่งสู่สังคมสุขภาพดี อย่างยั่งยืน